Het Leidse investeringsoverzicht sluit niet goed aan op de boekhouding. Deloitte prijst het feit dat Leiden dat projectenoverzicht heeft, maar wijst erop dat het niet bepaald het meest begrijpelijke document van de gemeente is.

Een tweede grote tekortkoming ligt in de Leidse manier van werken zelf, met name als het gaat om 'planning en controle'. Bureau Hiemstra en De Vries concludeer dat de afgelopen jaren 'belangrijke stappen' zijn gezet om het te verbeteren, maar dat te veel ad hoc gebeurt, waardoor de kans op fouten groot is. Ook is informatie te vaak te laat of verouderd, is de communicatie tussen personen en afdelingen gebrekkig, en zijn verantwoordelijkheden onduidelijk.