De op 28 september 1943 geboren Leidenaar studeerde klassieke talen en godgeleerdheid in Leiden. In 1967 werd hij onderzoeksassistent op de afdeling Nieuwe Testament en vroegchristelijke literatuur om in 1970 op de Universiteit van Amsterdam assistent hoogleraar te worden. Later promoveerde hij in Leiden op de tweetalige vertaling door Erasmus van het Nieuwe Testament in het Grieks en het Latijn. In 2001 verkreeg hij de status van hoogleraar.

De Jonge deed vooral onderzoek naar de ontstaansgeschiedenis van het christendom, dat is voortgekomen uit het jodendom, en vervolgens werd verspreid en doorontwikkeld onder niet-joden in de Grieks-Romeinse wereld. De inmiddels opgeheven faculteit werd door collega’s soms beschouwd als vreemde eend in de bijt. Simpelweg vanwege de complicatie voor iedere godsdienstwetenschapper dat de geanalyseerde bronnen tegelijkertijd de heilige bronnen van een religie zijn. De Jonge werd er wel eens moedeloos van: ’Steeds opnieuw moeten we de non-discussie voeren over de verifieerbaarheid van God. We bedrijven hier wetenschap volgens dezelfde regels als in andere faculteiten. We hebben alleen een ander onderwerp: het verschijnsel godsdienst. Onze afnemers zijn deels kerken en religieuze organisaties. Maar we zijn geen constructieplaats van geloof. Op dat punt hebben we geleerd zorgvuldiger te zijn dan welke faculteit ook’.

Zowel gelovigen als atheïsten gaan uit van hetzelfde misverstand dat geloof afhankelijk is van historische feiten, meende De Jonge. ’Gelovigen en ongelovigen moeten daarmee ophouden. Ik heb altijd tegen studenten gezegd: als je gelooft, doe het dan op eigen rekening en niet op rekening van antieke schrijvers. Die hadden zelf ook geen legitimatie. Geloof is een vertrouwen dat voortkomt uit de wil om te vertrouwen. Mensen creëren zich een symbolisch universum, en beschouwen dat als dominant en richtinggevend. Dat is veel ruimer dan de empirische werkelijkheid, en is niet gebaseerd op historische feiten en al helemaal niet op wonderen. Er is kennelijk iets tussen Jezus en zijn tijdgenoten geweest dat hen ervan heeft overtuigd dat ze zijn prediking moesten voortzetten. Die geschiedenis, een minimaal noodzakelijke combinatie van gegevens, is nodig om niet in totale willekeur terecht te komen. Maar niet om de waarheid van het geloof te bewijzen’.

De Jonge, oom van huidig minister van Volkshuisvesting en Ruimtelijke Ordening Hugo, was over twee periodes verdeeld in totaal vijf jaar decaan op de Leidse universiteit. Bij zijn afscheid werd hij door koningin Beatrix benoemd tot Ridder in de Orde van de Nederlandse Leeuw.